Towarzystwo funduje następujące nagrody:

1. Medal Mariana Smoluchowskiego
2. Nagroda Naukowa PTF
3. Nagroda PTF za najlepszą pracę doktorską 
4. Nagroda PTF za wyróżniającą się pracę magisterską
5. Nagroda PTF za popularyzację fizyki
6. Nagrody PTF dla wyróżniających się nauczycieli

Regulaminy nagród są dostępne na stronie nagród i medali . Wnioski mogą być nadsyłane do 30 czerwca. Wnioski o nagrody za prace magisterskie i doktorskie powinny dotyczyć prac wykonanych w roku 2012.